ประมวลพุทธพจน์หมวดพระอภิธรรม คือหลักธรรมและคำอธิบายที่เป็นเนื้อหาวิชาล้วนๆ ไม่เกี่ยวด้วยบุคคลหรือเหตุการณ์ แบ่งเป็น 7 คัมภีร์ (เรียกย่อหรือหัวใจว่า สํ วิ ธา ปุ ก ย ป) 12 เล่ม ดังนี้
1. ธัมมสังคณี
2. วิภังค์
3. ธาตุกถา
4. ปุคคลบัญญัติ
5. กถาวัตถุ
6. ยมก
7. ปัฏฐาน
เล่ม 34 (ธัมม)สังคณี ต้นเล่มแสดงมาติกา (แม่บท) อันได้แก่บทสรุปแห่งธรรมทั้งหลายที่จัดเป็นชุดๆ มีทั้งชุด 3 เช่น จัดทุกสิ่งทุกอย่างประดามี เป็นกุศลธรรม อกุศลธรรม อัพยากตธรรม ชุดหนึ่ง เป็น อดีตธรรม อนาคตธรรม ปัจจุบันธรรม ชุดหนึ่ง ฯลฯ และชุด ๒ เช่นจัดทุกสิ่งทุกอย่างเป็น สังขตธรรม อสังขตธรรม ชุดหนึ่ง โลกียธรรม โลกุตตรธรรม ชุดหนึ่ง เป็นต้น รวมทั้งหมดมี 164 ชุด หรือ 164 มาติกา
ตอนต่อจากนั้น ซึ่งเป็นเนื้อหาส่วนสำคัญของคัมภีร์นี้เป็นคำวิสัชชนา ขยายความมาติกาที่ 1 เป็นตัวอย่าง แสดงให้เห็นกุศลธรรม อกุศลธรรม และอัพยากตธรรม ที่กระจายออกไปในแง่ของจิต เจตสิก รูป และนิพพาน
ท้ายเล่มมีอีก 2 บท แต่ละบทแสดงคำอธิบายย่อหรือคำจำกัดความข้อธรรมทั้งหลายในมาติกาที่กล่าวถึงข้างต้นจนครบ 164 มาติกา ได้คำจำกัดความข้อธรรมใน 2 บทต่างแนวกันเป็น 2 แบบ (แต่บทท้ายจำกัดความไว้เพียง 122 มาติกา)
เล่ม 35 วิภังค์ ยกหลักธรรมสำคัญๆ ขึ้นมาแจกแจง แยกแยะอธิบาย กระจายออกให้เห็นทุกแง่ และวินิจฉัยจนชัดเจนจบไปเป็นเรื่องๆ รวมอธิบายทั้งหมด 18 เรื่อง คือขันธ์ 5 อายตนะ 12 ธาตุ 18 อริยสัจจ์ 4 อินทรีย์ 22 ปฏิจจสมุปบาท สติปัฏฐาน 4 สัมมัปปธาน 4 อิทธิบาท 4 โพชฌงค์ 7 มรรคมีองค์ 8 ฌาน อัปปมัญญา ศีล 5 ปฏิสัมภิทา 4 ญาณประเภทต่างๆ และเบ็ดเตล็ดว่าด้วยอกุศลธรรมต่างๆ อธิบายเรื่องใด ก็เรียกว่า วิภังค์ ของเรื่องนั้น เช่น อธิบายขันธ์ 5 ก็เรียก ขันธวิภังค์ เป็นต้น รวมมี 18 วิภังค์
เล่ม 36 มี 2 คัมภีร์ คือ ธาตุกถา นำข้อธรรมในมาติกาทั้งหลาย และข้อธรรมอื่นๆ อีก 125 อย่าง มาจัดเข้าในขันธ์ 5 อายตนะ 12 และธาตุ 18 ว่าข้อใดจัดเข้าได้หรือไม่ได้ในอย่างไหนๆ และ ปุคคลบัญญัติ บัญญัติความหมายของชื่อที่ใช้เรียกบุคคลต่างๆ ตามคุณธรรม เช่นว่า โสดาบัน ได้แก่ “บุคคลผู้ละสังโยชน์ 3 ได้แล้ว” ดังนี้เป็นต้น
เล่ม 37 กถาวัตถุ คัมภีร์ที่พระโมคคัลลีบุตรติสสเถระ ประธานการสังคายนาครั้งที่ 3 เรียบเรียงขึ้นเพื่อแก้ความเห็นผิดของนิกายต่างๆ ในพระพุทธศาสนาครั้งนั้น ซึ่งได้แตกแยกกันออกไปแล้วถึง 18 นิกาย เช่น ความเห็นว่า พระอรหันต์เสื่อมจากอรหัตตผลได้ เป็นพระอรหันต์พร้อมกับการเกิดได้ ทุกอย่างเกิดจากกรรม เป็นต้น ประพันธ์เป็นคำปุจฉาวิสัชนา มีทั้งหมด 219 กถา
เล่ม 38 ยมก ภาค 1 คัมภีร์ยมกนี้อธิบายหลักธรรมสำคัญให้เห็นความหมายและขอบเขตอย่างชัดเจน และทดสอบความรู้อย่างลึกซึ้ง ด้วยวิธีตั้งคำถามย้อนกันเป็นคู่ๆ (ยมก แปลว่า “คู่”) เช่น ถามว่า “ธรรมทั้งปวงที่เป็นกุศล เป็นกุศลมูล หรือว่า ธรรมทั้งปวงที่เป็นกุศลมูล เป็นกุศล”, “รูป (ทั้งหมด) เป็นรูปขันธ์ หรือว่ารูปขันธ์ (ทั้งหมด) เป็นรูป”, “ทุกข์ (ทั้งหมด) เป็นทุกขสัจจ์ หรือว่าทุกขสัจจ์ (ทั้งหมด) เป็นทุกข์” หลักธรรมที่นำมาอธิบายในเล่มนี้มี 7 คือ มูล (เช่นกุศลมูล) ขันธ์ อายตนะ ธาตุ สัจจะ สังขาร อนุสัย ถามตอบอธิบายเรื่องใด ก็เรียกว่า ยมก ของเรื่องนั้นๆ เช่น มูลยมก ขันธยมก เป็นต้น เล่มนี้จึงมี 7 ยมก
เล่ม 39 ยมก ภาค 2 ถามตอบอธิบายหลักธรรมเพิ่มเติมจากภาค 1 อีก 3 เรื่อง คือ จิตตยมก ธรรมยมก (กุศล-อกุศล-อัพยากตธรรม) อินทรียยมก บรรจบเป็น 10 ยมก
เล่ม 40 ปัฏฐาน ภาค 1 คัมภีร์ปัฏฐาน อธิบายปัจจัย 24 โดยพิสดาร แสดงความสัมพันธ์อิงอาศัยเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแง่ด้านต่างๆ ธรรมที่นำมาอธิบายก็คือ ข้อธรรมที่มีในมาติกาคือแม่บทหรือบทสรุปธรรม ซึ่งกล่าวไว้แล้วในต้นคัมภีร์สังคณีนั่นเอง แต่อธิบายเฉพาะ 122 มาติกาแรกที่เรียกว่า อภิธรรมมาติกา
ปัฏฐานเล่มแรกนี้ อธิบายความหมายของปัจจัย 24 เป็นการปูพื้นความเข้าใจเบื้องต้นก่อน จากนั้นจึงเข้าสู่เนื้อหาของเล่ม คือ อนุโลมติกปัฏฐาน อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแม่บทชุด 3 (ติกมาติกา) โดยปัจจัย 24 นั้น เช่นว่า กุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่กุศลธรรม โดยอุปนิสสยปัจจัยอย่างไร กุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่อกุศลธรรมโดยอุปนิสสยปัจจัยอย่างไร อกุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่กุศลธรรมโดยอุปนิสสยปัจจัยอย่างไร กุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่อกุศลธรรมโดยอารัมมณปัจจัยอย่างไร ฯลฯ ฯลฯ (เล่มนี้อธิบายแต่ในเชิงอนุโลม คือตามนัยปกติ ไม่อธิบายตามนัยปฏิเสธ จึงเรียกว่า อนุโลมปัฏฐาน)
เล่ม 41 ปัฏฐาน ภาค 2 อนุโลมติกปัฏฐาน ต่อ คืออธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแม่บทชุด 3 ต่อจากเล่ม 40 เช่น อดีตธรรมเป็นปัจจัยแก่ปัจจุบันธรรมโดยอารัมมณปัจจัย (พิจารณารูป เสียง เป็นต้น ที่ดับเป็นอดีตไปแล้ว ว่าเป็นของไม่เที่ยง เป็นทุกข์ เป็นอนัตตา เกิดความโทมนัสขึ้น ฯลฯ) เป็นต้น
เล่ม 42 ปัฏฐาน ภาค 3 อนุโลมทุกปัฏฐาน อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลาย ในแม่บทชุด 2 (ทุกมาติกา) เช่น โลกียธรรมเป็นปัจจัยแก่โลกียธรรม โดยอารัมมณปัจจัย (รูปายตนะเป็นปัจจัยแก่จักขุวิญญาณ ฯลฯ) ดังนี้ เป็นต้น
เล่ม 43 ปัฏฐาน ภาค 4 อนุโลมทุกปัฏฐาน ต่อ
เล่ม 44 ปัฏฐาน ภาค 5 ยังเป็นอนุโลมปัฏฐาน แต่อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแม่บทต่างๆ ข้ามชุดกันไปมา ประกอบด้วย อนุโลมทุกติกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด 2 (ทุกมาติกา) โยงกับธรรมในแม่บทชุด 3 (ติกมาติกา) เช่น อธิบาย “กุศลธรรมที่เป็นโลกุตตรธรรมเป็นปัจจัยแก่กุศลธรรมที่เป็นโลกียธรรม โดยอธิปติปัจจัย” เป็นอย่างไร เป็นต้น อนุโลมติกทุกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด 3 (ติกมาติกา) โยงกับธรรมในแม่บทชุด 2 (ทุกมาติกา) อนุโลมติกติกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด 3 (ติกมาติกา) โยงกับธรรมในแม่บทชุด 3 (ติกมาติกา) โยงระหว่างต่างชุดกัน เช่น อธิบายว่า “กุศลธรรมที่เป็นอดีตธรรม เป็นปัจจัยแก่อกุศลธรรมที่เป็นปัจจุบันธรรม” เป็นอย่างไร เป็นต้น อนุโลมทุกทุกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด 2 (ทุกมาติกา) กับธรรมในแม่บทชุด 2 (ทุกมาติกา) โยงระหว่างต่างชุดกัน เช่น ชุดโลกียะโลกุตตระ กับชุดสังขตะอสังขตะ เป็นต้น
เล่ม 45 ปัฏฐาน ภาค 6 เป็นปัจจนียปัฏฐาน คืออธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายอย่างเล่มก่อนๆ นั่นเอง แต่อธิบายแง่ปฏิเสธ แยกเป็น ปัจจนียปัฏฐาน คือ ปัจจนีย์ (ปฏิเสธ) + ปัจจนีย์ (ปฏิเสธ) เช่นว่า ธรรมที่ไม่ใช่กุศล อาศัยธรรมที่ไม่ใช่กุศลเกิดขึ้นโดยเหตุปัจจัย เป็นอย่างไร อนุโลมปัจจนียปัฏฐาน คือ อนุโลม + ปัจจนีย์ (ปฏิเสธ) เช่นว่า อาศัยโลกียธรรม ธรรมที่ไม่ใช่โลกุตตรธรรม เกิดขึ้นโดยเหตุปัจจัย เป็นอย่างไร ปัจจนียานุโลมปัฎฐาน คือ ปัจจนีย์ (ปฏิเสธ) + อนุโลม เช่นว่า อาศัยธรรมที่ไม่ใช่กุศล ธรรมที่เป็นอกุศล เกิดขึ้นโดยเหตุปัจจัยเป็นอย่างไร และในทั้ง 3 แบบนี้ แต่ละแบบ จะอธิบายโดยใช้ธรรมในแม่บทชุด 3 แล้วต่อด้วยชุด 2 แล้วข้ามชุดระหว่างชุด 2 กับชุด 3 ชุด 3 กับชุด 2 ชุด 3 กับชุด 3 ชุด 2 กับ ชุด 2 จนครบทั้งหมดเหมือนกัน ดังนั้นแต่ละแบบจึงแยกซอยละเอียดออกไปเป็น ติก- ทุก ทุกติก- ติกทุก- ติกติก- ทุกทุก- ตามลำดับ (เขียน ให้เต็มเป็นปัจจนียติกปัฏฐาน ปัจจนียทุกปัฏฐาน ปัจจนียทุกติกปัฏฐาน ฯลฯ ดังนี้เรื่อยไปจนถึงท้ายสุดคือ ปัจจนียานุโลมทุกทุกปัฏฐาน)
คัมภีร์ปัฏฐานนี้ ท่านอธิบายค่อนข้างละเอียดเฉพาะเล่มต้นๆ เท่านั้น เล่มหลังๆ ท่านแสดงไว้แต่หัวข้อหรือแนว และทิ้งไว้ให้ผู้เข้าใจแนวนั้นแล้ว เอาไปแจกแจงโดยพิสดารเอง โดยเฉพาะเล่มสุดท้ายคือภาค 6 แสดงไว้ย่นย่อที่สุด แม้กระนั้นก็ยังเป็นหนังสือถึง 6 เล่ม หรือ 3,320 หน้ากระดาษพิมพ์ ถ้าอธิบายโดยพิสดารทั้งหมด จะเป็นเล่มหนังสืออีกจำนวนมากมายหลายเท่าตัว ท่านจึงเรียกปัฏฐานอีกชื่อหนึ่งว่า มหาปกรณ์ แปลว่า “ตำราใหญ่” ใหญ่ทั้งโดยขนาดและโดยความสำคัญ
พระอรรถกถาจารย์กล่าวว่า พระไตรปิฎกมีเนื้อความทั้งหมด 84,000 พระธรรมขันธ์ แบ่งเป็น พระวินัยปิฎก 21,000 พระธรรมขันธ์ พระสุตตันตปิฎก 21,000 พระธรรมขันธ์ และพระอภิธรรมปิฎก 42,000 พระ ธรรมขันธ์